Desde 1826 se llevaron acabo varios intentos de negociación entre el Perú y Brasil con el objetivo de definir los límites de ambos países, y recién en 1841 firmaron un primer acuerdo. Duarte de Ponte Ribeiro, encargado de negocios de Brasil ante los gobiernos del Perú y Bolivia, suscribió con Manuel Ferreyros, ministro de Relaciones Exteriores del Perú, un tratado de paz, amistad, comercio y navegación, el 8 de julio de 1841.
Si bien no fue un tratado de límites, incluyó la necesidad de proceder cuanto antes la demarcación de los límites tomando como referencia el uti possidetis del año 1821. El 9 de julio de 1841 se firmó una convención especial sobre el comercio que consagraba al Brasil como el único importador desde el Perú por el Amazonas; por la misma, el Perú podía solamente exportar sus productos al Brasil. La convención de 1841 fijaba su duración de 10 años a partir del canje de las ratificaciones; sin embargo no llegó a ser ratificada.
Convención de 1851
El tratado sobre comercio y navegación fluvial del 23 de octubre de 1851 estuvo orientado a promover la navegación por el río Amazonas y sus confluentes por barcos de vapor; a través de este convenio se propugna la exportación de productos de la Amazonía. Para tal efecto se convenía el libre comercio de las mercaderías, productos y embarcaciones que pasaran entre Peru y Brasil por la frontera o por los ríos.
Sin ser un tratado de límites, la convención contemplo las fronteras. Se consagró la aceptación del principio de utis possidetis, conforme al cual serían arreglados los límites entre el Perú y el Brasil. Ambos países se comprometieron a nombrar una comisión mixta que reconocería la frontera y proponía los cambios territoriales oportunos para fijar los límites.
Demarcación territorial entre Perú y Brasil
Entre 1866 y 1874 se llevó acabo la labor de delimitación de la frontera, sin embargo, a fines del siglo XIX la política peruana de colonizar Alto Yurúa y el Alto Purús originó algunos roces. La situación se hizo más compleja cuando Bolivia reconoció al Brasil, por el tratado de Petrópolis (1903), sus presuntos derechos en esa zona. Bolivia había cedido, a cambio del pago de dos millones de libras esterlinas, territorios que estaban en litigio con el Perú. Ante la protesta del Perú se realizó la firma de un acuerdo provisional en Río de Janeiro, el 12 de julio de 1904, por el que ambos países se comprometían a recurrir a todo medio conciliador si no había acuerdo entre las partes.
Tratado Velarde-Rio Branco
Después de varios años de negociaciones para definir la estabilidad de las zonas de fronteras, el 8 de septiembre de 1909 en Río de Janeiro, Hernán Velarde, enviado especial del Perú y ministro plenipotenciario en el Brasil, y José María Da Silva Paranhos Do Rio Branco, canciller de ese país, firmaron un tratado a fin de completar la determinación de las fronteras entre los dos países. En este tratado se especificaba la linea fronteriza a partir de donde ya estaba demarcada en ejecución del tratado de 1851, es decir, desde la naciente del Yavarí. Asimismo, se acordaron principios generales sobre comercio y navegación en la cuenca del Amazonas que establecían la más amplia libertad de tránsito terrestre y de navegación fluvial para ambas naciones.