Atahualpa, hijo del inca Huayna Capac, nació en el Cuzco aunque su linaje era quiteño. Es por ello que gozaba de la simpatía, afinidad e inclinación de las etnias cayambes, carangues, pastos y de los mitmas, incas residentes en Quito y Carangue. A la muerte de su padre no acompañó al cortejo fúnebre que se dirigía al Cuzco llevando la momia del emperador, hecho que no gustó a su hermano Huáscar. Tampoco estuvo presente en el acto de vasallaje que los señores sojuzgados y miembros de la elite incaica hacían cuando el inca era entronizado. En su lugar envió embajadores con regalos. Dicha actitud fue tomada como acto de rebeldía porque sólo el inca podía iniciar las relaciones de reciprocidad mediante el reparto de dádivas. Como es de esperar Huáscar mandó matar a los emisarios y a algunos de ellos los liberó, previas mutilaciones. Estalló entonces la guerra y cada quien preparó a su ejército; por esos días los cañaris se levantaron contra Atahualpa, decidiéndose por la causa de Huáscar.
Hubo una primera batalla en las cercanías de Tumipampa y Atahualpa fue hecho prisionero, pero fugó gracias a la ayuda de una misteriosa mujer llamada Quella quien, aprovechando la ebriedad de sus guardianes, ingresó al presidio y entregó a Atahualpa una barreta, con la que pudo hacer un agujero por donde fugó. Este hecho fue mitificado en favor de Atahualpa diciendo que había escapado con ayuda divina al convertirse en culebra (amaru), lo que aumentó su prestigio ante las panacas cuzqueñas. Se reiniciaron los enfrentamientos, las tropas cuzqueñas ya habían llegado al norte, chocaron en Riobamba y Ambato con el triunfo de los atahualpistas. Atoe, general hermano de Huáscar, y Ulco Colla fueron capturados en el campo de batalla y asesinados cruelmente. Atahualpa mandó hacer del cráneo de Atoe un vaso enchapado en oro y de su piel tambores. Terminada esta primera campaña incursionó en territorio cañar, arrasando poblaciones y aplicando crueles castigos. Para escarnio de esa etnia escogió a Tumipampa por capital, allí mismo tomó la borla real y se auto proclamó inca. Mientras tanto en el sur, Huáscar organizaba un segundo ejército con gente que provenía del Collao, Canchis, Canas, Charcas, y el mando fue encargado a su hermano Huanca Auqui, quien se dirigió a Tumipampa.
Atahualpa inició también su marcha hacia el Cuzco, avanzó hasta Huamachuco donde destruyó el templo del dios Catequil y liquidó al sacerdote porque había vaticinado que perdería. Desde Huamachuco mandó un ejercito a debelar a los chachapoyas y fue entonces que recibió a veloces postas tallanes, quienes le informaron que hombres extraños habían llegado desde el mar. Cautelosamente decidió no avanzar hacia el Cuzco, delegando el mando de una parte de su ejército en Quizquiz y Chalcuchimac y les ordenó proseguir la marcha hacia la ciudad imperial. Las fuerzas atahualpistas vencieron sucesivamente en Cochagailla, Pumpu y Jauja. Desesperado por las continuas derrotas organizó un tercer ejército de 30 mil hombres provenientes del Contisuyo, a cuyo mando decidió ir él mismo. La batalla decisiva se dio en los alrededores de Huánuco Pampa, el ejército cuzqueño finalmente fue abatido y Huáscar capturado. Atahualpa, quien a la sazón se hallaba en Huamachuco esperando noticias, celebró la victoria pero no marchó al Cuzco a entronizarse oficialmente, sino que mandó traer a Huáscar a Cajamarca donde esperaría a los extranjeros recién llegados a sus dominios.
El 15 de noviembre de 1532 se encontraba en los baños termales de Pultamarca, en tanto que sus tropas invictas continuaban esperando hasta tomar y avasallar el Cuzco. Allí en Pultamarca recibió a la comitiva encabezada por Hernando de Soto a quien trató fríamente; en cambio dio un trato preferencial a Hernando Pizarro al enterarse que era hermano del jefe de los visitantes. Éste, al despedirse arremetió con su caballo hacia la corte de Atahualpa, cuyos integrantes retrocedieron temerosos. Atahualpa no se inmutó y, una vez retirados los españoles, mandó degollar a todos los que habían demostrado miedo, diciendo que no quería vasallos cobardes. El 16 de noviembre su cortejo entraba en Cajamarca, donde recibió al dominico fray Vicente Valverde, acompañado de un intérprete. El propósito de Valverde era capturar pacíficamente al Inca, para lo cual le habló de Dios, el Papa y el Rey a quien debía someterse. Le alcanzó una biblia y Atahualpa la arrojó a la multitud. Ante esto, Valverde regreso gritando, se dio la señal y sonó un tiro de arcabuz. Salieron los soldados de las habitaciones que rodeaban la plaza y arremetieron contra la multitud indígena que desesperada pugnaba por salir, pisoteándose unos a otros llegando a derribar una pared por presión.
Atahualpa fue hecho prisionero por el propio Francisco Pizarro, y prometió llenar un cuarto de oro y plata a cambio de su vida y libertad, ordenando que se trajera tal tesoro desde las más apartadas regiones del imperio. A fin de acelerar el envío, Pizarro mandó dos expediciones: una a Pachacamac, cerca de donde después se fundaría la ciudad de Lima, y otra al Cuzco. Esta última comitiva tropezó en el camino con el triste séquito que conducía prisionero al derrocado inca Huáscar, quien logró conversar con los españoles y les ofreció una mayor cantidad de oro y plata. Temeroso Atahualpa de que hubiese un entendimiento entre los españoles y su hermano, secretamente lo mandó matar desde su cárcel dorada.
Con la llegada de un nuevo contingente español al mando de Almagro, hubo presiones de todo tipo para asesinar al príncipe, alegándose que estaban juntando legiones de indígenas que vendrían en rescate de Atahualpa. Sólo Hernando de Soto y Hernando Pizarro lo defendían y eran de la idea de que se le enviara a España. Hubo entonces que alejarlos. El primero fue enviado a una misión de reconocimiento y el segundo a España llevando el quinto real. Se hizo una parodia de juicio y entre los cargos que se hicieron a Atahualpa figuraba el asesinato de su hermano, conspirar contra los españoles. Se le condenó a la hoguera y como en el incario este castigo se aplicaba sólo a los ladrones, aceptó ser bautizado, cambiándose la pena por la del garrote. Atado a una silla, con el garrote al cuello, un testigo español le vio llorar y encomendar sus hijos a Pizarro. Fray Vicente Valverde le advirtió que olvidase a sus hijos y se convirtiese al cristianismo. Por respuesta volvió a llorar mientras con las manos indicaba el tamaño de sus hijos. Así terminó Atahualpa el 26 de julio de 1533. A la mañana siguiente, con gran solemnidad, era enterrado en la iglesia católica que habían hecho contruir en Cajamarca. Días después, misteriosamente, su cadáver fue sustraído y llevado al norte, donde había transcurrido la mayor parte de su vida.
