Melchor de Liñán y Cisneros, dignatario eclesiástico, regentó interinamente el mando como XXI virrey del Perú. Hijo de don Francisco Liñán de Cisneros y de doña Isabel González, estaba emparentado por su linaje paterno con el gran cardenal de los reyes católicos, Jiménez de Cisneros. Nació en Tordelaguna (Castilla) en 1629 y cursó estudios en la Universidad de Alcalá de Henares hasta obtener el grado de doctor en Teología. Luego de recibir las órdenes sacerdotales fue nombrado cura de la parroquia de Santa María de Buitrago. En 1660 pasó a la villa y corte de Madrid, donde tuvo a su cargo la parroquia de San Salvador y sirvió una plaza de calificador del Santo Oficio. El lucimiento con que desempeñó tales responsabilidades debió de constituir el “trampolín” para su brillante carrera eclesiástica y civil en las Indias. Se trasladó al nuevo continente en 1665 con la dignidad de obispo de Santa Marta y dos años más tarde fue mudado a la silla episcopal de Popayán. Casi inmediatamente fue designado gobernador interino del nuevo reino de Granada y presidente de la audiencia de Santa Fe (1670), con el expreso encargo de iniciar juicio de residencia a su antecesor, general Villalba y Toledo. En setiembre de 1671 fueron despachados los títulos que lo promovían al arzobispado de Charcas, tomando posesión de esta sede el 12 de agosto de 1675.
Finalmente mereció de parte de la Corona el llamado a ejercer la dignidad eclesiástica más importante de América del Sur: el arzobispado de Lima. Liñán fue recibido oficialmente en el cabildo metropolitano de esta ciudad el 13 de febrero de 1678, siendo el octavo titular de la cátedra. Justo por entonces se hallaban en su punto más álgido las calumnias y acusaciones (infundadas) contra el virrey conde de Castellar, que movieron a la corte a disponer su inmediato cese del gobierno y su sustitución por el arzobispo limeño. Así llegaba al mando, por primera vez en la serie de gobernantes del virreinato, un hombre de iglesia, aunque sólo a título interino.
Durante tres años y cuatro meses (1678-1681) le tocó desempeñar el oficio virreinal a don Melchor de Liñán y Cisneros. En este tiempo se inició la observancia de la recopilación de Leyes de Indias, promulgada en 1680, y hubo necesidad de proveer a la defensa del litoral contra las depredaciones de los piratas ingleses Watling y Sharp. Además, el virrey promovió la expulsión de los portugueses que en el Río de la Plata habían tomado posesión de la llamada colonia del Sacramento. Cuidó la solemnidad de las ceremonias celebratorias de la beatificación de Toribio Alfonso de Mogrovejo (1679) y, mediante cartas y edictos pastorales, reformó la vida en los conventos de monjas, a fin de salvaguardar la moral y reducir la abundancia de criadas. Por lo demás, su actuación como prelado se caracterizó por el desprendimiento y la austeridad. Por sus esclarecidos méritos fue premiado con el nombramiento honorario de consejero de Su Majestad y con el título de conde de la Puebla de los Valles, que don Melchor prefirió ceder a uno de su hermanos (1691).
Continuó gobernando la arquidiócesis de Lima hasta el 28 de junio de 1708, fecha en que dejó de existir, a la edad de 78 años. Su cadáver reposa en un sepulcro colocado al lado del Evangelio mayor de la iglesia parroquial del Sagrario, que él construyó a su costa después del terremoto de 1687.
