EI conjunto arquitectónico de Pajatén se encuentra sobre una estrecha meseta en forma de L invertida, en una zona de espesa vegetación y pendientes abruptas, en la confluencia de dos ríos tributarios del río Abiseo. Por este motivo el sitio también es conocido con el nombre de Ruinas del Abiseo. Uno de los extremos de la meseta termina en un precipicio de unos 300 m. de altura.
La falta de superficies planas en el terreno se resolvió con la construcción de una serie de muros de contención que formaron terrazas artificiales sobre las cuales se levantaron edificios circulares y cuadrangulares de diferentes tamaños. Se encontraron también espacios libres que pudieron haber sido plazas.
Edificios circulares en el Gran Pajatén
Lo más característico del sitio son los edificios redondos construidos sobre terraplenes circulares que forman zócalos en el exterior. El ingreso es por las escaleras ubicadas generalmente en el lado oeste. En la construcción se utilizó piedra pizarrosa cortada en bloques planos y unidos con una argamasa arcillosa. Los muros no son rectos, sino que presentan formas redondeadas.
A través de los siglos, la vegetación fue cubriendo las construcciones, por lo que éstas han sido conocidas más detalladamente poco a poco, a medida que se iban limpiando. Varios edificios circulares muestran el exterior de sus paredes decorado con impresionantes frisos hechos con la misma piedra. Hacia el lado sur, sobre dos grandes terrazas, hay magníficos edificios. Los tres más grandes alcanzan diámetros de hasta 14.80 metros y sólo uno de ellos posee decoración también en el interior.
Edificio Nº 1
Es el más importante y está espléndidamente adornado con frisos. A ambos lados de la escalera de acceso, sobre el exterior del zócalo, se observa la representación de cinco personajes antropomorfos cuyas caras son cabezas clavas empotradas en la pared. Están sentados con los brazos y las piernas abiertas y llevan, alternadamente, dos tipos de tocado que parecen representar plumas, en un caso hacia arriba y en el otro hacia abajo.
Edificio de los condores
El edificio N° 2 se conoce con el nombre de los Cóndores debido al motivo en sus frisos. En el interior se encontró un cuchillo de cobre. El piso está hecho con baldosas y tiene una extraña piedra labrada colocada al centro. Estas piedras eran conocidas como huancas. Se cree que su ubicación bajo el sol era intencional y que estaría relacionada a un culto agrícola típico en la época de los incas.
Los frisos decoran únicamente la pared y no el zócalo. Hay varias figuras, todas diferentes: dos aves con alas extendidas y una gran cola, dos personajes antropomorfos parecidos a los del edificio N° 1, motivos romboidales, cuadrados y hexagonales.
