En la exploración del territorio peruano durante la conquista, se descubrieron los ríos Amazonas, Ucayali y Madre de Diós por parte de los españoles.
Descubrimiento del Río Grande de las Amazonas
En busca del País de la Canela, partió Gonzalo Pizarro junto a 180 españoles y 3 mil andinos desde el Cuzco. A fines de 1580 llego a la ciudad de Quito y nombró como lugarteniente a Francisco de Orellana, fundador de Santiago de Guayaquil. En el río Coca, al que llamó Santa, Pizarro mando construir el bergantín San Pedro, que dirigiría Orellana, mientras que él marcharía por la orilla. Cuando se dudaba de que el mítico país estuviese cerca y los alimentos empezaban a escasear, Orellana se ofreció a buscarlos. Gonzalo Pizarro aceptó con la condición de que regresara en 12 días. Al mando de 57 hombres, el lugarteniente de Pizarro partió el 26 de diciembre de 1541 en dirección oriente por el río Napo. Tras pasar la confluencia del Curacay, llegaron a un río denominado Río Grande, más tarde Río Grande del Amazonas. Permanecieron en el poblado que denominaron Aparia, donde construyeron otro bergantín que llamaron Victoria.
En la desembocadura del río Madeira, el 10 de junio de 1542, capturaron a un hombre que dijo ser vasallo de mujeres guerreras que en el imaginario europeo fueron identificadas como las amazonas de los antiguos relatos griegos. Los enfrentamientos con los aborígenes fueron intensos, hasta que finalmente el 26 de agosto de 1542, Orellana y su tripulación llegaron al Océano Atlántico. Se dirigieron a la Española en Santo Domingo, para llegar luego en mayo de 1543 a Valladolid.
Ante el Consejo de Indias y el príncipe Felipe, Orellana pidió autorización para llevar acabo la conquista del Amazonas en calidad de adelantado. Camino a lograr su próximo proyecto, Francisco de Orellana murió en noviembre de 1546, de una extraña enfermedad en Nueva Andalucía (Venezuela).
Descubrimiento del río Ucayali
Juan de Salinas Loyola fue un curtido capitán español, nacido en Valladolid, que participó en diversas expediciones y conquistas, entre ellas la de Chachapoyas. El 8 de julio de 1557, luego de obtener el permiso respectivo de la Corona española y al mando de 250 hombres dispuestos a todo, partió de Loja (actual Ecuador) y se internó en la selva peruana en búsqueda de oro. Atravesó la hoy llamada cordillera del Condor, sorteó el pongo de Manseriche, navegando el río Marañón, y luego de un año más de travesía, el 29 de setiembre de 1558 llegó al río Ucallale (*confluencia* en idioma pano). Salinas y su gente bautizaron a este enorme río con el nombre de San Miguel. Con varias perdidas entre sus huestes, un botín más bien ralo y un estado de salud deplorable, Salinas retorno sin mayor recompensa que una audiencia en la Corona, que le concedió la gobernatura de las tierras descubiertas.
Descubrimiento del río Madre de Dios o Amarumayo
El río de las serpientes (amaru, serpiente; mayu, río), hoy conocido como río Madre de Dios,fue descubierto por la capitán español Álvarez de Maldonado en 1566, quien accedió a él en búsqueda del legendario Paitití, una suerte de El Dorado de la Amazonía sur. Años, antes el capitán de origen griego Pedro de Candia, al mando de un ejercito de trescientos hombres bien pertrechados, y Pedro Anzures de Campo Redondo, con un impresionante ajuar de viaje y caballería, tuvieron sendos fracasos en su intento de atravesar al tupida selva y llegar a este río. En aquella época se decía que las tierras en torno al Madre de Dios guardaban ingentes tesoros.
Álvarez de Maldonado, quien legó su apellido a la futura capital de Madre de Dios, se enfrentó a un tal Gómez de Tordoya en plena selva del Amarumayo. Pocos pudieron sobrevivir, entre ellos Álvarez Maldonado, quien tuvo suerte de ser guiado por los indígenas para salir de la zona por Carabaya, rumbo al Cuzco.
