Después de varios años de lucha, por motivos de las guerras civiles entre los conquistadores, se logró una paz momentánea que se vio interrumpida por los reclamos de los encomenderos, cuando vieron que comenzaban a perder sus privilegios. La Corona española estableció un conjunto de normas para los dominios de América denominados Leyes Nuevas, promulgadas en Barcelona el 20 de noviembre de 1542. Además de otras disposiciones, la Gobernación de Nueva Castilla se convertía en un virreinato.
La ley más polémica dispuso que el otorgamiento de encomiendas recaía exclusivamente en manos del Rey y estas solo se mantendrían por una generación, medida que propició la reacción de los conquistadores. Inicialmente los encomenderos se reunieron en torno a Gonzalo Pizarro, quien se enfrentó a la política radical del virrey Nuñez de Vela, logró atraer a los encomenderos y derrotar finalmente a Gonzalo Pizarro en Jaquijahuana. Sin embargo, las resoluciones posteriores no fueron del agrado de los encomenderos y se produjo una nueva rebelión dirigida por Francisco Hernández Girón. Después de varios enfrentamientos, las fuerzas fieles a la Corona lograron derrotar al insurrecto y retorno la calma al virreinato.
LA ENCOMIENDA EN EL PERÚ
La encomienda en Hispanoamérica se presenta como heredera de una tradición europea medieval que consistió en la cesión de tierras a cambio de protección y defensa. La versión americana se diferenciaba en que el encomendero no recibe tierras sino indios que trabajan para él. Los elementos que se mantuvieron fueron la protección y al defensa, la responsabilidad del encomendero de evangelizar a sus indios encomendados. Como institución, tuvo fundamento jurídico al estar obligados los indígenas, en su condición de vasallo libre del Rey, a pagar tributo a la Corona.
La merced real era entregada por el Rey de España como recompensa por os méritos en el servicio de armas.
Era un valioso premio para los hombres que extendieron los dominios del monarca. Otra de las obligaciones de los encomenderos fue la de acudir con sus armas y caballos en al defensa de los territorios en caso de cualquier ataque contra la soberanía real. La presencia del encomendero, como autoridad española, debía asegurar el poder real a lo largo del Perú. Pero, pasados los primeros años, los encomenderos dejaron de vivir en el lugar correspondiente a su encomienda. Esta situación sumada a los abusos contra los indígenas, llevo a la Corona a imponer el deber de residencia en la jurisdicción que habitaran los encomendados y a dar un buen trato a los indios. La imagen muestra a Nicolas de Rivera, El Viejo, uno de los primeros y más poderosos encomenderos.
