Las principales causas de las rebeliones indígenas durante el siglo XVII fueron el abuso de los corregidores y el malestar ocasionado por las reformas borbónicas. El virreinato soportó más de cien revueltas de diferente importancia, sustentadas en el mesianismo popular que esperaba el retorno del Inca. Las de mayor impacto entre la población fueron la de Juan Santos Atahualpa y la de José Gabriel Condorcanqui (Túpac Amaru II).
Juan Santos Atahualpa
Sublevó a los indios del Gran pajonal contra las misiones franciscanas de la zona en 1742. Enfatizando su estatus de Apu Inca y declarándose descendiente de Atahualpa, reclutó adeptos de distintas etnias serranas y selváticas (shipibos, conibos, amueshas, campas). Los indios de la selva soportaron devastadores epidemias entre 1709 y 1737, que llegaron con los misioneros y generaron un consecuente rechazo hacia ellos.
Esto, sumado a un sistema laboral que los nativos no comprendían ni asimilaban -representado en los obrajes y haciendas-, determinó la acogida del discurso insurgente con lo cual se unieron a las rebeliones indígenas.
Para Juan Santos, el mundo se dividía en tres reinos soberanos: España, para los españoles; África, para los africanos; y América, para los indios, mestizos y criollos. De ello se deduce que buscaba la expulsión de los españoles y de los africanos de los Andes. Sin embargo, entre las huestes de indios y mestizos, hubo también negros y zambos. La selva central se convirtió para todos ellos en una zona de refugio.
Durante diez años, las tropas rebeldes realizaron súbitas incursiones combatiendo al ejército peninsular. Finalmente, en 1752, este abandona la ceja de selva y se concentra en evitar que el movimiento se expanda. Las misiones franciscanas quedaron abandonadas, lo que detuvo la evangelización. Los religiosos no reingresaron sino hasta 1868, cuando se fundó la ciudad de La Merced, en Chanchamayo.
Rebelión de Túpac Amaru II
La rebelión de Túpac Amaru II o Gran Rebelión movilizó una considerable cantidad de indios e incluyó también grupos de criollos, mestizos y negros. Además, contó con el apoyo de muchos curacas, entre los que destacan los hermanos Catari.
Su base social creció junto con el descontento generado por las reformas borbónicas: no solo habían subido los impuestos, sino que se perjudicó el comercio con Potosí al crearse el virreinato de Río de la Plata (1776).
Túpac Amaru II, curaca prestigioso y acomodado, se pronunció contra las reformas fiscales dictadas por Areche y elevó su reclamo ante las autoridades de Tinta, Cusco y Lima, sin ningún resultado. Como él, otros curacas, mestizos y criollos estaban descontentos. Así, una rebelión en Chayanta (Bolivia), que precedió a la de Túpac Amaru II, dirigida por Tomás Catari y sus hermanos Dámaso y Nicolás, levantó sus quejas contra los abusos del corregidor y el cambio arbitrario de los jefes étnicos o curacas. Esto fue aprovechado por el insurgente peruano que ofreció a los criollos la abolición de aduanas y alcabalas; a los mestizos, la eliminación del reparto; y a los indios, el cese de los tributos y la mita minera de Potosí.
El 4 de noviembre de 1780, José Gabriel Condorcanqui capturó al corregidor Antonio de Aliaga y lo mandó ejecutar seis días después. Al principio, Túpac Amaru II se sublevó contra el mal gobierno de los corregidores, pero más adelante redicalizó su postura. El 18 de noviembre de 1780 derrotó al ejército español en la batalla de Sangarará, dando muerte a numerosos criollos y peninsulares. Esto lo distanció de la población blanca y del clero, pero marcó la masiva adhesión de los indígenas a su causa.
Finalmente, las tropas enviadas por el virrey Jáuregui derrotaron y capturaron a Túpac Amaru en el cuzco, donde se lo sometió a un juicio sumario. Su ejecución pública se produjo en la plaza central de la ciudad el 18 de mayo de 1781. Con él murieron sus esposa, Micaela Bastidas; y su hijo mayor,Hipólito. Sin embargo, la rebelión continuó hasta noviembre,liderada por Diego Cristóbal Túpac Amaru.
Fase Aimara: Túpac Catari
La fase aimara contó con el liderazgo de Diego Cristóbal, Miguel Bastidas y Andrés Mendigure. A ellos se sumó, en 1781, el dirigente aimara Julián Apaza, conocido como Túpac Catari.
A diferencia de Túpac Amaru, el rebelde aimara no tenía rango curaca. Esto explica que la segunda fase de las rebeliones indígenas se distinga, precisamente, por la ausencia de curacas de linaje en el movimiento. Asimismo, el enfrentamiento entre indios y blancos desembocó en un rechazo al clero. Varios curas fueron ahorcados, entre ellos el padre Barriga, un religioso franciscano sacrificado por los indios el mismísimo jueves santo.
Desde marzo de 1781 los rebeldes al mando de Túpac Catari mantuvieron cercada la ciudad de la Paz durante 109 días. La escasez de alimentos que originaron y las pestes que le sucedieron agotaron a la confundida élite paceña, que no concebía estar en manos de los indigenas. Finalmente, parte de los rebeldes se acogió al perdón hacia octubre de 1781. Julián Apaza fue capturado y condenado a la pena de muerte.
Resultados de las rebeliones indígenas
Las autoridades coloniales respondieron a las rebeliones indígenas con una serie de medidas: se prohibió hablar en quechua; no se usarían motivos de ornamentación inca en vestidos o adornos; quedó prohibida toda manifestación antística o literaria que hiciera referencia al pasado incaico, incluso la lectura de los Comentarios Reales de Garcilaso de la Vega; fueron abolidos todos los títulos de nobleza indígena, incluido el de curaca; crearon la Audiencia del Cuzco (1787); y se formó un poderoso ejército de más de 50 mil hombres en el virreinato, para resguardar el orden colonial.
